ATTENZIONI

È questione di atteggiamento e autorità. Evidentemente il cucciolo percepisce come leader il tuo compagno... E questo non dipende da quanto tempo gli dedichi tu o lui. Ovviamente ciò non significa che non ti voglia bene... Ma per un animale da branco il leader è quell'individuo forte che gli garantisce protezione... È normale quindi che si agiti quando lui va via.

Concordo con Bluestar20 nel senso che per modificare il vostro rapporto dovresti cambiare tu o cambiare lui... Il rapporto con il proprio cane idealmente dovrebbe essere quello tra madre (noi) e cucciolo (il nostro cane).
Noi dovremmo essere colui che gli insegna ogni cosa, che lo protegge e gli dona sicurezza (cosa non facile su alcuni cani). Ma anche colui che lo sgrida e che gli fa capire quello che può o non può fare.... Quando è il momento di ubbidire ecc...

Nel vostro caso in particolare, visto che dici che il tuo compagno "non lo considera", potrebbe semplicemente essere che il cane si comporti così perché non vuole essere escluso da quella persona.
Per il cane voi 3 (o comunque quanti vivono sotto lo stesso tetto) formate il suo branco.
È normale che se un membro del gruppo (specie se più "anziano" di lui) non lo considera, il cucciolo faccia in modo di farsi ben volere da lui.